尽管把北大清华命为榜首的高校排名行为许久以来备遭诟病，但是在许多人的心目中，北大和清华，仍然是综合类大学里面两个不可替代的龙头。
著名学者季羡林先生认为，北大的历史应该从汉代太学开始算起。季羡林说：“中国的学统从太学起，中经国子监，一直到京师大学堂，最后转为北京大学，可以说是一脉相承，没有中断。这在世界教育史上是绝无仅有的，是我们中华民族的骄傲。”他还说：“我决无意为北大争正统，争最高学府的荣衔。……事实如此，我不得不如此说尔。”无独有偶，此前的胡适先生也这样认为，并说现在北大不争这样的历史地位，实在“很有骨气”！
既然已经“很有骨气”，那就接受一般看法，认为北京大学的前身，是创立于1898年7月3日的前清京师大学堂，这是戊戌新政许多改革中的一个重要组成部分。当时的京师大学堂不仅成为全国最高学府，而且是全国最高教育行政机关。至今那块蓝底金字“大学堂”牌匾，仍然陈列在北大校史馆里，供后人瞻仰。
1912年辛亥革命之后，京师大学堂更名为国立北京大学。尽管民国以降，社会风气并没有太大的改观。即使在这个唯一的国立大学里面，学术风气也不甚浓厚，反倒是封建思想、官僚习气充斥着整个校园。很多学生就读北大，一心为了仕途上的晋升，于是在校期间不读书，专一混资历，找靠山，或者干脆就整日嬉戏，打牌饮酒，甚至逛八大胡同（时为京城著名的妓院集中所在）。这种情况，激起1917 年1月就任北大校长的蔡元培先生改革北大的想法来。
蔡元培（1868——1940），字鹤卿，号孑民，浙江绍兴人，民国时期著名的教育家、政治家。他于1917——1927年间任北大校长十年，致力于北大新精神之塑造，推行了一系列政策，效果显著，被后来的北大人称作“永远的校长”。今天北大教授陈平原先生说：“百年中国，出现过无数英雄豪杰，但要讲对于北大的深刻影响，至今没有可与蔡校长比肩者。”之所以如此盛赞，很大程度上是因为蔡元培任校长时候的努力，奠定了此后北京大学优良的传统，造就了北大百年来独特的风格。
针对学生不学无术，蔡元培强调“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所”，并告诫学生要以“正当之娱乐，易不正当之娱乐”，通过组织社团、提倡美育，期年之后，气象一新。他提倡精深的学术研究，首先从文科着手，于1922年创办国学门研究所。参与研究所工作的不但有胡适、钱玄同、周作人、李大钊、朱希祖等名教授，还有王国维、陈垣、陈寅恪等国学大师，一举奠定了北大文科雄厚的先天基础。到20世纪90年代，北大出版《国学研究》、成立中国传统文化研究中心，与蔡元培当年对国学的扶持有着非常直接的渊源关系。最为后人称道的是他在北大推行思想自由、兼容并包的办学理念，不但延请辜鸿铭等思想守旧的知识分子在北大讲坛上随意发表自己对新思潮的诋毁，同时也礼聘陈独秀、胡适、周作人、刘半农等大批倡议新学、呼吁科学民主的学者作教授，宣扬对旧礼教旧传统的攻击。他还提倡“读书不忘救国，救国不忘读书”，学术与现实并重，造就了北大关心家国命运民族前途的优良品质，为1919年五四运动奠定了思想基础。尊重学术，兼容并包，关心时政，成了后世北大可贵的风格和传统。至今蔡元培先生的塑像，仍然树立在北大未名湖畔，静静地注视着这个和自己息息相关的大学——在某种程度上说，蔡元培就是北大，北大就是蔡元培。
蔡元培辞去校长职务之后，北大走了一条非常曲折的发展之路。1927年，奉系军阀入主北京时，悍然决定取消北京大学，将北京的国立9所学校合并，成立所谓京师大学校。国民党新军阀统治时期，又一度将京师大学校改为中华大学，不久又改为北平大学。由于北大师生的强烈反对，1929年8月，恢复了北京大学。
清华大学的前身是“清华学堂”，筹划于1909 年，是利用美国退还庚子赔款组建的留美预备学校。庚子赔款指的是清政府对1900年侵华的八国联军赔付的战败款项，原本是一项国耻；不过美国政府将这项款项用来组建学校、培训学子并送往美国接受先进的现代化教育，却在中国教育史和学术史上有着重要意义。由于当时清华学堂的办学目的只是为了向美国输送人才，所以管理机构不是校务会而是“游美学务处”。经过两年多的筹备，清华学堂于1911年3月开始招生，但是不久就受到政局不稳的影响暂停。直到辛亥革命之后复课，并改称“清华学校”，可是留美预备学校的性质却没有改变。
清华学校对学生的要求与当时其他学校比起来很有特色。它特别重视学生体育，规定学生毕业前，必须通过最低标准的游泳、百米短跑、跳高、跳远、掷铁球五项运动，如有任何一项不及格，就会扣发毕业文凭、取消出洋资格。另外，学校还不时请名人学者来讲演，尤其是1914年冬，邀请梁启超先生来以“君子”为题作演讲。梁启超在演讲中提及《易经》里面的两句“天行健，君子以自强不息；地势坤，君子以厚德载物”，本用来勉励听讲同学；谁知学校竟将这话的意思拿过来，立校训为“自强不息、厚德载物”，这个校训，到今天已经有90多年了。
直到1925年清华学校成立国学研究所，同时开办大学部，设文、理、法三个学院，留美预备学校的特点渐渐不明显了，综合类大学性质渐渐完整起来。当时清华学校国学研究所实力雄厚，梁启超、王国维、陈寅恪、赵元任都在这里传道授业，号称“四大导师”；培养出来的四届弟子七十余人，后来都有了不起的学术建树，一时风光无限。1928年，清华学校终于改称国立清华大学，并于次年成立文、理、法三部研究院，不久又增办工学院，规模宏大，实力雄厚。
1937年，日军大举侵华，北平沦陷。北京大学与清华大学、私立南开大学南迁长沙，共同组成长沙临时大学。不久，上海、南京相继被日军攻陷，湖南形势危急。于是1938年初，国民政府决定将长沙临时大学再次西迁昆明，组建国立西南联合大学。300余名师生组成湘黔滇旅行团，于2月20日从长沙出发前往昆明，历经68天，徒步3500里，横越湖南、贵州、云南三个省份，历尽艰难万险，竟为了求学读书这一目的，书写了中国教育史乃至世界文化史上可歌可泣的一页。
1938年5月4日，西南联大正式开课。联大设立文、理、法商、工、师范5个院26个系，两个专修科一个选修班。西南联大偏居一隅，却能够忍辱负重，汇聚三校菁华，师资充实，人才济济。吴大猷、周培源、王竹溪、梁思成、金岳霖、陈省身、王力、朱自清、冯友兰、吴有训、陈寅恪、沈从文、陈岱孙、闻一多、钱穆、钱钟书、费孝通、华罗庚、朱光潜、吴晗、赵九章、李楷文、林徽因……想要一一开列多达300余教师的名单其实并不容易。有如此多的良师，怎能不让杨振宁、李政道、朱光亚、谢玮、邓稼先、黄昆、宋平、彭佩云等诸多学子脱颖而出，为日后中国的建设事业、高等教育的发展和世界学术研究，作出极为突出的贡献？
这些原本瘦弱的文人雅士，不但能够克服极其艰苦的环境，坚持严谨的治学态度，树立优良学风，以刚毅坚卓之精神，维系了中华教育和中华知识传承的命脉；同时在国难当头的时候，还能投身抗战，浴血中华。抗战八年间，西南联大从军学生前后一共达到834人，清华大学校长梅贻琦的公子梅祖彦也是这些热血青年中的一员。据史料载，1942年至1945年间“驼峰”航线保卫战中，共有1500余中美健儿血洒碧空，其中就有联大的从军学生。 我们相信这些死难的学生在临终前，一定会高唱冯友兰先生撰写的《满江红》：
“万里长征，辞却了，五史宫阙。暂驻足衡山湘水，又成别离。绝檄移栽桢干质，九州遍洒黎元血。尽笳吹弦诵在春城，情弥切。千秋耻，终当雪，中兴业，须人杰。便一成三户，壮怀难折。多难殷忧新国运，动心忍性希前哲，待驱除仇寇复神京，还燕碣。”
——这是西南联大的校歌。多难殷忧新国运，动心忍性希前哲。试想千古以来教育史上哪个学校，有如此从容博大的气象？
1945年8月，日军投降，抗战结束。西南联大虽然暂时仍在昆明继续课业，但是三校复员工作也在积极筹备。第二年5月4日，西南联大结束自己光荣使命。三校师生在昆明立碑，纪念在抗战八年中的艰苦合作。从此北京大学返回沙滩，清华大学返回海淀，10月正式复学。
中华人民共和国成立后，随着办学模式和教育思想的苏联化倾向逐渐增强，全国高校于1952年进行院系调整，此次调整，对教育和社会发展的影响十分深远。越来越多的学者认为，当年的院系调整对于中国大学发展弊大于利。其实早在1949年底，院系调整的先期行动已经涉及到北大和清华了。当时北京大学、南开大学教育系并入北京师范大学；清华大学、北京大学、华北大学三校的农学校合并为北京农业大学。1952年之后，又将北京大学工学院、燕京大学工科各系并入清华大学，清华大学的文、理、法三学院及燕京大学的文、理、法各系并入北京大学。燕京大学撤销，北京大学由沙滩迁往海淀，入驻原燕京大学校址，即现在的燕园。由此造成的影响是，北京大学由多学科综合大学改为文理科大学，清华大学由多学科综合大学改为工科大学。
对高度专门化教育的推崇，意味着对科学和文化的综合性、完整性的损害和削弱。此次院系调整，虽然增强了北大文科理科力量，但是严重削弱了北大综合性基础。1948年的北大，有文学、理学、法学、工学、农学、医学等六大学院。此后便每况愈下，日渐萎缩。农学院、医学院、工学院和法学院相继分割出去，只保留了原先的文理学院，加上一个经济学系。这一局面，严重制约着此后几十年北大的发展。
清华大学在这次运动中也大伤元气。院系调整之后，清华原有的文史哲雄厚基础被剥离殆尽，迅速变成一个单纯的工科为主的大学。原来温文儒雅的人文底蕴和氛围，渐渐变成一个冷冰冰工具理性的载体。人才培养过于专门狭窄，效益低下。直到今天清华大学重新恢复自己的人文学院，做了几年的努力，仍然无法与当初的情况相提并论。
此次院系调整，对北大清华两校后来的品质与性格又有了很大的影响。
北大文理并重，但是人们心目中还是把它作为人文社会科学的集中所在。大概是因为文史哲本身所含括的浪漫因素，使得北大渐渐披上一种诗人般的气质和小说家的情怀。它迅速认同了燕京大学旧址，并将燕园列入自己情结中的一部分。“红楼飞雪，一时英杰，先哲曾书写，爱国进步民主科学。忆昔长别，阳关千叠，狂歌曾竞夜，收拾山河待百年约。我们来自江南塞北，情系着城镇乡野；我们走向海角天涯，指点着三山五岳。我们今天东风桃李，用青春完成作业；我们明天巨木成林，让中华震惊世界。燕园情，千千结，问少年心事，眼底未名水，胸中黄河月。”这首北大的校歌，名叫《燕园情》。感性的冲动使北大在80年代喊出“振兴中华”时代强音，不知道有多少青年为之热血沸腾。
经历了风风雨雨之后的北大，几分沧桑之外仍然保有年轻快乐的情绪。如今，北大的发展已经取得长足进步。北大拥有全国最多的院士、博导、教授，师资力量为全国第一；国家重点学科以81个高居全国高校之首，遥遥领先；与北京医科大学合并之后，北大文科、理科、医科实力均居全国第一；国家最高科技成就奖、国家三大奖、国家教学成果奖等奖项的获得，北大均为全国高校之首。到目前为止，北大已经巩固了它原本已经拥有的中国第一学府的地位。
而院系调整后的清华大学，变成了一所纯粹的工科院校。工科的率直与准确，造就了清华脚踏实地学以致用的优良学风。当北大率先喊出“振兴中华”的口号时，清华人却在默默地反复背诵“从我做起”。清华园里的成就与名誉，是与精湛的专业紧密结合的。外界把清华学子的刻苦攻读形容为“苦行僧”，在许多人的心目中，清华可以与远在美国的麻省理工相提并论。
学以致用也是清华人心中牢记的一个宗旨，他们所掌握的知识和学问，往往能够直接转化为生产力。1998年5月，清华大学举行首届大学生创业计划大赛。1999年3月，清华大学学生科技创业者协会又主办了第二届创业大赛，这次大赛诞生了如“视美乐”、“易得方舟”等中国第一代学生公司。清华大学还专门为学生创业开辟了清华创业园。现在入驻清华创业园的企业已经达到20多家，其中有三分之一的公司是清华的毕业生、在校生创立的。
网上有评论说，清华感觉像个大哥，英俊明朗，不浮不油，稳重可靠。那么北大呢？应该更像一个有着积极乐观心态的长者，他在种种鲜花和磨难面前，把经历过的荣与辱飘然笑过，依然痴痴地憧憬着未来，相信明天未名湖畔的博雅塔上，又会升起一轮美丽的太阳。
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